From one genome to hundreds of transcriptomes
在本科学习的分子生物学转录过程基础之上介入表观遗传学，对转录的过程更进一步的理解。
转录功能元件与相关蛋白
RNA Pol II
其中最大亚基的C端存在YSPTSPS的结构域(CTD)
Promoter
Core promoter elements:
TATA Box: TATA box defines accurate transcription in vivo and in vitro (哺乳动物20%的基因不包含TATA Box，是consensus序列）
Initiator: Initiator (lnr) is important for transcription control
DPE (Downstream Promoter Element): Downstream core promoter element
Enhancer
增强子可以是双向的，与specific DNA binding proteins结合 (including activator)，决定...
Comparison of Pearson and Spearman coefficients
Comparison of Pearson and Spearman coefficients
Pearson coefficients
Spearman coefficients
Comparsion of Pearson and Spearman coefficients
Pearson coefficients
Pearson correlation cofficient是两个变量之间的协方差（covariance）除以两者标准差的乘积，它假定变量的分布是正态分布
ρX,Y=cov(X,Y)σ(X)σ(Y)\rho_{X,Y} = \frac{cov(X,Y)}{\sigma(X)\sigma(Y)}
ρX,Y=σ(X)σ(Y)cov(X,Y)
cov(X,Y)=E[(X−E[X])(Y−E[Y])]cov(X,Y) = E\left[ (X-E\left[X\right])(Y-E\left[Y\right]) \right]
cov(X,Y)=E[(X−E[...
Hexo部署
Content
Hexo部署
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Installation
Initialize Project
Change Theme
One Command Deployment
Reference
Installation
1234# Installationnpm install -g hexo-cli# Checkhexo -v
Initialize Project
1234# Inithexo init phd_blogcd phd_blognpm install
Change Theme
个人很prefer vivia这个theme，直戳XP。
下载repo
123cd /phd_blogsgit clone https://github.com/saicaca/hexo-theme-vivia.git themes/vivianpm install colorjs.io stylus hexo-symbols-count-time
创建config文件
将vivia目录下的example_config.vivia.ymlco...
Preface
今天是2023年10月13日，距离开学已经过去了快一个半月，这学期专业课我一共选修了7门专业课，分别是精准医学概论、基因组技术与健康大数据、表观遗传学、生物信息学、人类遗传疾病、实用生物信息学（1）：高通量测序数据分析技术、人群队列大数据研究基础，其中一些课程的内容让我大快朵颐，让我学习到新知识的同时，填充了我先前知识的空缺，这些课程之间相互交叉重叠，也让我感受到现代生物学的发展是不同子学科之间的相得益彰。但终归需要将这些知识整理整合形成自己的知识体系，故今天在成功搭建了自己的blog后，决定开始整理自己的知识体系，基本脉络比较清晰，我将分为人类遗传学与群体遗传学、表观遗传学两个部分，人类遗传学与群体遗传学将包含精准医学概论、人类遗传疾病、人群队列大数据研究基础，表观遗传学将包含基因组技术与健康大数据和表观遗传学。虽然分为了两大块，但不免有交叉，届时再做correlation。
话不多说，希望一年后这本笔记能够充分融入自己的知识体系。